Ωστόσο, το Billie Jean πέρα και πίσω ​​από τον πιασάρικο ρυθμό και τη μαγευτική μελωδία του, κρύβει μια ιστορία που καλύπτεται από εικασίες και αποκαλύπτει μια καλλιτεχνική ιδιοφυΐα. Από τους μυστηριώδεις στίχους μέχρι την πρωτοποριακή παραγωγή του, η ιστορία πίσω από το «Billie Jean» όχι μόνο αποτελεί την επιτομή της απαράμιλλης μουσικής ικανότητας του Michael Jackson, αλλά αντικατοπτρίζει επίσης την πολυπλοκότητα της φήμης, της αγάπης και της ανθρώπινης κατάστασης.

Η έμπνευση για το «Billie Jean» φέρεται να προήλθε από πραγματικές εμπειρίες που είχε συναντήσει ο Michael Jackson, συμπεριλαμβανομένων συναντήσεων με εμμονικές θαυμάστριες και ψευδείς ισχυρισμούς πατρότητας. Ο Jackson δήλωσε ότι για το «Billie Jean» άντλησε έμπνευση από συναντήσεις με γκρούπι που συνάντησαν ο ίδιος και τα αδέρφια του κατά τη διάρκεια των εμφανίσεων τους ως Jackson 5. Αυτές οι γκρούπι παρέμεναν στα παρασκήνια, δημιουργώντας σχέσεις με οποιοδήποτε συγκρότημα ερχόταν στην πόλη. Σύμφωνα με τον βιογράφο του Michael Jackson, J Randy Taraborrelli, η γέννηση… της «Billie Jean» προήλθε από τα γράμματα που έλαβε ο Jackson το 1981 από μια γυναίκα που ισχυριζόταν ότι ήταν ο πατέρας ενός από τα δίδυμά της.

Παρόλο που δεν συνάντησε ποτέ τη γυναίκα, ο Jackson λάμβανε τακτικά τέτοιους ισχυρισμούς και τους αγνόησε. Ωστόσο, εκείνη επέμενε, δηλώνοντας την αγάπη και την επιθυμία της να είναι μαζί του. Αυτά τα γράμματα προβλημάτισαν τον σταρ σε σημείο να του προκαλούν εφιάλτες. Η κατάσταση κλιμακώθηκε όταν ο Jackson έλαβε ένα δέμα που περιείχε μια φωτογραφία της θαυμάστριας, ένα όπλο και ένα γράμμα που του έλεγε να πεθάνει σε μια συγκεκριμένη ώρα. Η εμμονική θαυμάστρια σχεδίαζε να κάνει το ίδιο αφού σκοτώσει πρώτα το μωρό «τους», ώστε να μπορέσουν να ξανασμίξουν στην «επόμενη ζωή». Στη συνέχεια, οι Jacksons έμαθαν ότι η γυναίκα αυτή είχε εισαχθεί σε ψυχιατρείο.

Αργότερα ο Michael διέψευσε ότι υπήρξε αληθινή Billie Jean: "Δεν υπήρξε ποτέ αληθινή Billie Jean. Το κορίτσι στο τραγούδι είναι ένας συνδυασμός ανθρώπων από τους οποίους έχουν ταλαιπωρηθεί τα αδέρφια μου όλα αυτά τα χρόνια. Δεν μπορούσα ποτέ να καταλάβω πώς αυτά τα κορίτσια μπορούσαν να πουν ότι κουβαλούσαν το παιδί κάποιου όταν δεν ήταν αλήθεια». 

Ο παραγωγός του τραγουδιού ο Quincy Jones πρότεινε να αλλάξει ο τίτλος σε «Not My Lover», ανησυχώντας ότι οι ακροατές μπορεί να συσχετίσουν το τραγούδι με την τενίστρια Billie Jean King. Ο Jackson αντιτάχθηκε στην αλλαγή, επιμένοντας ότι ο αρχικός τίτλος θα παραμείνει αμετάβλητος. Επιπλέον, ζήτησε τους τίτλους συμπαραγωγής για το κομμάτι, νιώθοντας ότι η τελική έκδοση έμοιαζε πολύ με το αρχικό του demo και αναζήτησε επιπλέον δικαιώματα. Ωστόσο, ο Jones απέρριψε και τα δύο αιτήματα, οδηγώντας σε μια διαφωνία μεταξύ των δύο που κράτησε για αρκετές ημέρες.

Οι δημιουργικές συγκρούσεις με τον Κουίνσι Τζόουνς, ο οποίος συνεργάστηκε με τον Μάικλ μέχρι το άλμπουμ του Bad (όταν χώρισαν) δεν επουλώθηκαν με τον καιρό. Σχεδόν δέκα χρόνια μετά το θάνατο του τραγουδιστή, ο Κουίνσι κατηγόρησε τον Μάικλ για λογοκλοπή της επιτυχίας της Donna Summer - State of Independence - για να γράψει το Billie Jean. Η επιτυχία του τραγουδιστή είναι της ίδιας χρονιάς με το άλμπουμ Thriller, 1982, και ήταν παραγωγή του ίδιου Κουίνσι Τζόουνς και είχε τη συμμετοχή της σταρ στα δεύτερα φωνητικά. «Ο Michael έκλεψε πολλά πράγματα», είπε ο παραγωγός σε συνέντευξή του στο Vulture. «Έκλεψε πολλά τραγούδια. «State of Independence και «Billie Jean». Οι σημειώσεις δεν λένε ψέματα, φίλε. Ήταν τόσο μακιαβελικός όσο φαίνεται». Την ίδια στιγμή, ο παραγωγός κατέθεσε μήνυση κατηγορώντας την περιουσία του Βασιλιά της Ποπ για παρακράτηση δικαιωμάτων, για τα οποία κέρδισε περισσότερα από 9 εκατομμύρια δολάρια στο δικαστήριο.

Ο Michael Jackson τραγούδησε για πρώτη φορά το «Billie Jean» κατά τη διάρκεια της τηλεοπτικής εκπομπής Motown 25: Yesterday, Today, Forever, που προβλήθηκε στο NBC στις 25 Μαρτίου 1983. Αυτή η εμφάνιση είναι ιδιαίτερα διάσημη για την εισαγωγή της κίνησης χορού moonwalk από τον Jackson, η οποία έγινε μια από τις χαρακτηριστικές του κινήσεις. Η στιγμή που ο Michael Jackson έκανε το πρώτο του moonwalk στην τηλεόραση άλλαξε για πάντα την ιστορία της μουσικής. Η συγκλονιστική ερμηνεία του «Billie Jean» του Τζάκσον στο Motown 25 θεωρείται μια στιγμή -ορόσημο στην ιστορία της μουσικής.